一般情况下，企业不通过ISO 14001环境管理体系认证，相关机构不会退费。因为认证机构会根据所提供的服务和审核时间收取一定的费用。

如果企业没有通过ISO 14001环境管理体系认证，但是已经进行了审核并支付了相关费用，可以与认证机构联系，了解退款政策或进行协商。

另外，如果在审核过程中，企业因自身原因无法通过认证，认证机构可能会在一定时间内保留退款权利，具体视认证机构的规定而定。

总之，如果企业不通过ISO 14001环境管理体系认证，相关机构是否退费需要与认证机构进行沟通和确认。