对于ISO三体系认证的付款方式，一般而言，认证机构会在认证前要求企业支付费用，并在证书发布后进行查询。

在具体的认证过程中，不同的认证机构和地区可能会有不同的操作方式，所以企业在选择认证机构和实施认证前应该详细了解认证流程和相关规定，以免出现误解或不必要的麻烦。

同时，企业也应该根据自身情况和预算合理选择认证机构，确保认证的准确性和合法性。